Le 23 septembre, Anthropic a dévoilé à la fois un nouveau groupe de recherche en sciences du vivant, son propre laboratoire de biologie moléculaire dans la baie de San Francisco et le premier résultat issu de cette organisation. Des agents Claude ont identifié dans des bactériophages un ensemble formé autour d’une transcriptase inverse, d’un gène partenaire et d’une longue série de répétitions d’ADN régulièrement espacées.

Anthropic a baptisé cet ensemble ART, pour array-associated reverse transcriptases. La comparaison avec CRISPR vient essentiellement de cette architecture en répétitions. Elle ne signifie pas qu’ART soit un système CRISPR, qu’il permette d’éditer un génome ou même que sa transcriptase inverse possède déjà une activité démontrée dans ce contexte. L’entreprise dit elle-même ne pas connaître sa fonction biologique principale.

950 agents, 21 heures et beaucoup de tri

La campagne a commencé par une instruction assez large : rechercher dans une vaste base de séquences de nouveaux exemples intéressants de transcriptases inverses. Selon Anthropic, environ 950 agents Claude ont travaillé pendant 21 heures et consommé quelque 210 millions de tokens.

Ils ont rassemblé plus de 200 000 transcriptases inverses, isolé environ 3 500 systèmes candidats puis réduit la sélection aux vingt dossiers considérés comme les plus intéressants. L’un des agents a fini par examiner de plus près l’ADN voisin d’une famille inhabituelle et y a remarqué une succession de répétitions.

Le détail est important : l’enzyme sous-jacente n’était pas inconnue. Des travaux précédents l’avaient déjà repérée dans un grand bactériophage. Ce que Claude semble avoir ajouté est l’identification de l’ensemble formé par cette enzyme, l’array de séquences non codantes et une protéine accessoire dont le rôle reste inconnu.

Les humains ont ensuite repris la main

La partie humide de l’expérience n’a pas été confiée à Claude. Anthropic précise que tous les travaux de laboratoire sont réalisés par des scientifiques humains et que son laboratoire travaille aux niveaux de biosécurité BSL-1 et BSL-2, sans manipulation de pathogènes capables d’infecter l’être humain.

Les premiers essais montrent que l’array ART est effectivement transcrit en plusieurs petits ARN distincts. C’est un résultat expérimental qui rend le motif détecté par le modèle plus intéressant qu’une simple curiosité statistique dans une base de données.

Ce n’est toujours pas une preuve de fonction. Les chercheurs doivent déterminer ce que fait la transcriptase inverse, à quoi sert la protéine voisine, quel rôle jouent ces ARN et si le système intervient réellement dans une forme de défense ou dans un autre mécanisme du bactériophage.

La partie moins spectaculaire : dix nouvelles recherches l’ont raté

Le préprint associé à l’annonce contient une limite assez révélatrice. Anthropic a relancé dix fois la campagne de recherche avec le même dispositif général. Aucune de ces dix exécutions n’a de nouveau inspecté la région d’ADN qui avait conduit à ART, et aucune n’a donc retrouvé l’array.

Lorsque les chercheurs fournissent directement les séquences concernées aux modèles, le problème devient beaucoup plus facile. D’après les résultats rapportés dans le préprint, les modèles Claude les plus capables décrivent les répétitions dans au moins 90 % des essais lorsque l’ADN est placé directement dans leur contexte. Avec des fichiers et des outils à parcourir, les performances peuvent tomber beaucoup plus bas.

Cela ne retire pas le motif biologique observé en laboratoire. Cela dit quelque chose de différent sur l’agent : sa capacité à remarquer l’information dépend encore fortement du chemin pris pendant une recherche immense. L’originalité ici n’est donc pas seulement qu’un modèle reconnaisse un pattern une fois qu’on le lui montre. C’est qu’une campagne ouverte ait, une fois sur cette série d’exécutions, réussi à tomber dessus seule.

Un préprint, pas encore un nouvel outil d’édition génétique

Anthropic a publié ses résultats sous forme de préprint. Ils n’ont donc pas encore suivi le processus classique d’évaluation par les pairs, et l’entreprise partage explicitement le travail alors que la caractérisation d’ART est encore en cours.

Feng Zhang, chercheur du MIT et du Broad Institute associé aux développements majeurs de CRISPR, a examiné le préprint et qualifié l’association entre les arrays d’ARN et les transcriptases inverses d’intrigante et digne d’études supplémentaires. C’est une appréciation nettement plus prudente que de parler d’un successeur de CRISPR.

La démonstration la plus solide pour l’instant concerne donc surtout la méthode de recherche : des agents capables de parcourir énormément de données, de générer des candidats et de faire remonter une anomalie à des biologistes qui peuvent ensuite la tester physiquement. Le laboratoire humain reste au bout de la chaîne.

ART, lui, a encore beaucoup de travail devant lui avant de devenir autre chose qu’un système biologique inhabituel repéré dans des bactériophages.